北京医科大学的前身是国立北京医学专门学校，创建于1912年10月26日。在历史长河的变革中，曾并入北京大学。1952年独立建院名为北京医学院，1954年被确定为重点医学院校，直至1984年经国务院批准为全国10所重点建设大学之一，1985年更名为今日的北京医科大学。在长达一个世纪的办学实践中，学校逐渐形成了“勤奋、严谨、求实、创新”的学风和“坚定正确的政治方向，严谨求实的治学态度，热枕献身的服务精神”的校风。 

　　与世界著名的医学院校一样，北医大拥有医学、药学、公共卫生、口腔和护理中的12个专业教育: 基础医学、临床医学、预防医学、口腔医学、药学、药物化学、药理学、护理学、卫生事业管理，精神病学与精神卫生学、医学检验、妇幼卫生学。学校现有33个博士学位授权点和53个硕士学位授权点，学校以培养本科生、研究生为主体，同时又是继续教育的培训基地。学校还附设一所中等卫生学校。

　　学校现有本、专科教育、研究生教育和继续教育三个教育层次，并设7个学院、2个系和2个部：基础医学院、药学院、公共卫生学院、口腔医学院、第一临床医学院（北大医院）、第二临床医学院（人民医院）、第三临床医学院;精神卫生学系、护理系；社会科学和人文科学部、外语教学部。其中临床医学与口腔医学专业从1988年开始招收部分七年制学生，毕业后授予硕士学位，还有4个博士后科研流动站。经国务院学位委员会批准，学校分别具有自行审批硕士点和硕士生导师权以及自行审批增列博士生导师权。 

　　学校有11个国家级重点学科点，1个国家级重点实验室，5个卫生部级重点实验室，11个联合研究中心，19个校级研究所，在医学院校中连续十年获国家自然科学基金第一名，完成科研课题和所获各类科研基金以及在SCI及国内刊物上发表论文数量均名列全国医学院校首位。

　　学校拥有实验中心大楼、图书馆、药学楼、公共卫生楼、医药分析中心、信息中心电化教育中心、实验动物部、档案馆、出版社、体育馆等诸多装备精良的教学、科研设施；有3所师资雄厚、医技精湛、设备完善的综合医院和3所专科医院。另外，北京积水潭医院、北京医院、中日友好医院、邮电医院、地坛医院、燕山石化职工总医院和首都儿科研究所，铁路总医院是学校的临床教学医院。

　　学校与世界卫生组织(WHO)、联合国儿童基金(UNICEF)、美国疾病控制中心(CDC)、美国中华医学基金会(CMB)等国际组织保持良好的合作关系，并与十几个国家和地区的20多所大学建立了良好的校际交流关系。学校先后聘请了58位世界著名学者为客座教授、名誉教授，其中3个是诺贝尔奖获得者。

　　1996年8月28日，北医大正式通过了国家首批“211工程”建设项目的论证。